在对人类患者中SARS-CoV-2的前160个完整基因组进行的系统进化网络分析中，一个国际科学家团队发现了SARS-CoV-2的三个不同变体：A，B 和 C：A 和 C 在东亚以外地区，即在欧洲人和美国人中，发现了很多类型的病毒；相比之下，B型是东亚最常见的类型，其祖先基因组似乎没有先突变为衍生的B型就没有在东亚以外传播，这表明在亚洲以外对该类型的创始人具有影响力或免疫或环境抵抗力。
剑桥大学的遗传学家彼得·福斯特博士（Peter Forster）说：“有太多的快速突变无法精确地描绘出 SARS-CoV-2家谱。”
“我们使用数学网络算法来同时可视化所有可能的树。”
这些技术最著名的是通过 DNA 绘制史前人类的移动图。我们认为这是它们首次被用于追踪 SARS-CoV-2 等冠状病毒的感染途径。”
Forster博士及其同事使用了2019年12月24日至2020年3月4日期间从全球采样的SARS-CoV-2病毒基因组的数据。他们揭示了该病毒的三个不同变体，由密切相关的血统簇组成。他们发现武汉发现了与蝙蝠中发现的最接近的 SARS-CoV-2 类型，即人类病毒的原始基因组A，但令人惊讶的是，它不是该市的主要病毒类型。
据报道，在美国居住在武汉的美国人中发现了A 的突变型，在美国和澳大利亚的患者中发现了大量的A型病毒.武汉的主要病毒 B 型在东亚各地的患者中普遍存在。但是，该变种在没有进一步变异的情况下并没有在该地区以外传播很多，这暗示着武汉的奠基人事件，或东亚以外地区对该类型的抵抗。
C 变体是主要的欧洲类型，在法国，意大利，瑞典和英国的早期患者中发现。该研究在中国大陆样本中没有，但在新加坡，香港和韩国见过。
这项新的分析还表明，最早是在1月27日将这种病毒引入意大利，这是通过第一次有记载的德国感染而来的，而另一种早期的意大利感染途径与新加坡群有关。重要的是，该团队的遗传网络技术准确地追踪了已确定的感染途径：突变和病毒谱系将已知病例之间的点联系在一起。因此，科学家们认为这些系统发育方法可以应用于最新的冠状病毒基因组测序，以帮助预测未来疾病传播和激增的全球热点。
福斯特博士说：“系统进化网络分析有可能帮助识别未记录的COVID-19感染源，然后可以对其进行隔离，以进一步遏制该病在全球的传播。” 研究人员将变种A与蝙蝠和穿山甲中发现的病毒最密切相关，称其为爆发的根源。B 衍生自 A，由两个突变分隔，然后 C 依次是 B 的女儿。
这组作者说：“ B 变体在东亚的定位可能是由始祖效应引起的：当出现病毒时，从一小群孤立的感染群体中建立一种新的类型，就会出现遗传瓶颈。”
他们认为还有另一种值得考虑的解释。福斯特博士说：“武汉 B 型病毒可以在免疫或环境方面适应大部分东亚人口。” “可能需要改变以克服东亚以外的抵抗。在初始阶段，我们似乎看到东亚的突变率比其他任何地方都慢。” “我们详细描述的病毒网络是流行早期的快照，当时 COVID-19 的进化途径被大量突变所掩盖。就像在行动中捕捉到了一颗超新星。”
该研究发表在《美国国家科学院院刊》上。
来源：sci-news.com
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