1860年以后，随着不平等条约的签订，列强获得了在中国领土上开办教堂和传教的权力。之所以列强力争办教堂和传教权力，就是为了精神殖民，在文化上同化中国。然而许多教堂的神职人员在教民和非教民冲突时都公然干涉中国司法权，插手诉讼、偏袒教民。这就激化了中国民众对洋人的仇恨情绪。
在庚子事变之前，中国教案累计已达800多宗。严重影响了列强对中国的统治。因此列强向当时的清政府提出交涉，要求派武装人员入京保护使馆人员。清政府被迫同意各国派不多于30人的武装人员进驻使馆，实际1900年5月31日各国派入武装人员已达千人。6月11日，在清抵抗派王公大臣支持下义和团数万人入京。6月17日列强联军进攻大沽炮台，又一次拉开了武装入侵中国的序幕，6月20日德国公使克林德在前往与清庭交涉暂缓撤出使馆事宜途中在和清巡逻军队冲突中被击毙。6月21日在得知列强已侵入中国后慈禧向列强宣战，下令原派去保护使馆的军队向各国使馆发动进攻。同年8月16日列强联军攻占北京并下令抢劫三日。8月23日清庭被迫要求议和。列强在等待和谈同时继续战争行为。俄国最先同意和谈并以1896年中俄密约为凭谋求中国东北，英德为阻止已取得先机的俄国在中国谋得最大好处达成一至意见：一、反对瓜分中国；二、要求中国开放沿海允许通商。法、日、美等国纷纷附议。
后几经交涉，清庭与列强签订了臭名昭著的辛丑条约，一系列不平等条目外还规定了中国要赔款4.5亿两白银，分39年年还清，年息4厘，本息共计达9.82亿两白银之巨。在赔款后期，美国带头提出了减免中国浮溢赔款中的部分款项以作为专项留美中国学生的经费，并创建了留美预备学校（即清华大学前身）。随后列强大多多少都减免了部分庚子赔款。最终中国实际支付赔款总额除列强退回的外，仍然高达5.76亿两白银。
值得注意的是美所减免的是“浮溢部分赔款”。那么什么是“浮溢部分赔款”呢？其实就是在要求赔款时有意报出比预计要高得多的金额，在以后接受赔款时再酌情减免浮溢部分的款项以示仁慈。其实这是美的惯常做法，在以舰炮打开日本国门时就也退还过所谓的浮溢赔款。
这所谓的退赔款是美国侵略得逞后讹诈中国的，还是多讹诈中的部分，这本身就是中国的钱，我们凭什么因此要感谢美国。
再有这部分本是中国的钱被减免后是掌握在所谓的专项基金委员会之手，只能花在专项费用之上。而庚子退赔的1250多万美金就是被固定专门用来支付赴美学习的经费。不过是为了培养所谓的中国知识界精英，其核心目标就是保证以后美在中国拥有亲美的高层阶层，为能从中国获取更大的政经利益而做的人才储备。
所以中国根本用不着为美国退赔庚子浮溢款作为专项教育经费而心存感激。
历史上，由战败国偿付战胜国的战争损失与军事开支，都是被视为天经地义。但在对华索求赔款的谈判中，美国显然是一个异数，它最大的诉求并不是尽量榨取中国，从远交近攻的角度来说，美国在尽可能压制自己的盟友，减轻中国的赔款负担。
这笔庚子还款，即使到现在，新竹清华大学每年还收到庚子赔款支票。这是因为１９４９年，清华校长梅贻琦前往美国处理“清华基金”保管运用事宜，然后在台建校后，梅贻琦借用清华基金利息补贴教授薪水，并兴建宿舍。 外界常以为清华基金是两岸清华各取一半，但根据清华前校长顾秉林的确认，证实这笔基金只是拨给新竹清华。
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